Jenjang SMP adalah jenjang pendidikan tersulit, di mana siswa berada pada posisi ambigius antara masa anak dan dewasa, sehingga pribadi spiritual dan humanis harus terbentuk pada periode sebelumnya. 

Dalam konteks pencapaian dan tujuan pendidikan, periode ini merupakan periode pelengkap dan penyempurna pendidikan SD, sehingga masih masuk dalam kategori pendidikan dasar.

Berdasarkan dasar pemikiran tersebut, SMP Islam Al-Fajar menyiapkan peserta didik dengan berbagai metode dan program yang didukung oleh sarana penunjang yang memadai dan kegiatan yang terintegrasi antar komponen.