SD Islam Al-Fajar menerapkan sistem pembelajaran Student Active Learningdan bilingual yang mengacu pada kurikulum 2013 yang merupakan kurikulum nasional yang terintegrasi dengan kurikulum dienniyah Al-Fajar yaitu yang menitikberatkan pada penekanan nilai-nilai Agama Islam dan Al-Qur’an serta ditunjang dengan teknologi informasi dan komunikasi.
Fasilitas Sekolah pun sangat memadai untuk digunakan kegiatan belajar yang meliputi perpustakaan, laboratorium IPA, laboratorium komputer, klinik/UKS, masjid dan aula, Ruang multi KBM, Apotik hidup, Kebun pembelajaran, lapangan yang luas, tempat parkir yang memadai, ruang kelas ber-AC dan ada infocus dll.